A humán mikroflóra egyensúlyának megbomlása különböző klinikai kórképeket eredményez. A probiotikumok mind a humán mikroflóra egyensúlyának megtartásában, ezáltal a prevencióban, mind, pedig a már kialakult kórképek kiegészítő terápiájában javítani tudják a beteg életminőségét. A probiotikumok ajánlása a gyógyszerésznek sem könnyű feladat. Figyelemmel kell lenni arra, hogy egy-egy klinikai kórképre melyik klinikailag meggyőzően bevizsgált, hatékony törzset, vagy mely törzsek kombinációja ajánlható a betegnek. Hasonlóan, mint az antibiotikumok esetében, ahol egy adott antibiotikumot a kórokozó antibiotikum-érzékenysége alapján választunk ki. A probiotikum kiválasztását tovább nehezíti, hogy a jelenleg forgalomban lévő probiotikus készítmények közül kevés gyógyszer, ezek javarészt étrend-kiegészítők, amelyekkel nem végeztek kellő számú, bizonyító erejű klinikai vizsgálatot. A humán mikroflóra jobb megismerésével és a probiotikus törzsek célzott alkalmazásával a jövőben lehetőség nyílhat egy kevesebb mellékhatással rendelkező, költséghatékonyabb kiegészítő terápia használatára a különböző betegségekben. Ennek megerősítésére további klinikai vizsgálatok szükségesek