Az egyes probiotikumok hatásmechanizmusa ugyan különböző, általánosságban elmondható, hogy képesek befolyásolni a bélbarrier permeabilitását, a bélnyálkahártyasejtek gyulladásos potenciálját, hogy versengenek a patogén mikrobákkal a bélnyálkahártyán történő kolonizációért, és hogy befolyásolni képesek az immunsejtek aktivitását. Ezen tulajdonságaik révén bizonyos probiotikus törzsek alkalmasak lehetnek az akut gastroenteritisek tüneteinek csökkentésére is.