Az antibiotikumhasználat gyakori szövődménye a hasmenés, amely gyermekkorban a legtöbb esetben enyhe, azonban az antibiotikumhasználat okozta diszbiózis hosszú távú hatásainak vizsgálata egyre több kutatót foglalkoztat. A legfontosabb lépés a megelőzés, amelynek fontos eleme az antibiotikumhasználat indikációjának pontos meghatározása, a széles spektrumú antibiotikumadás lehetőség szerinti kerülése, a panaszt okozó antibiotikum leváltása, illetve a bélflóra összetételét megőrizni hivatott probiotikumok alkalmazása.