A szervezet és egyénre jellemző mikrobiomja (baktériumokból, vírusokból, gombákból archeákból és eukarióta parazitákból álló ökoszisztéma) között állandó, szoros interakció van. Összetételét, amely testrészenként eltérő, számos tényező befolyásolja. Az egyensúly megbomlása az egészségi állapot romlásához vezet. A szájüregi diszbiózis okai a páciens alapbetegségében, annak terápiájában (antibiotikum, szteroid - szisztémásan vagy lokálisan -, helyi hatású fertőtlenítő szerek), táplálkozási faktorokban, vagy az immunműködést befolyásoló egyéb körülményekben keresendők.