A mikrobiom az emberi szervezetben lévő kolonizált mikroorganizmusok (baktériumok, vírusok és gombák) genomjának összesége, amely mikroorganizmusok milliárdjaiból épül fel, és diverzitásának jelentős szerepe van az egészségünk fenntartásában. Ennek mintegy 80%-át teszi ki a bél mikrobiom (a bélflóra), melynek egyedi összetételét számos tényező befolyásolja: a genetika, az életkor, a nem, az etnikai hovatartozás, az immunrendszer fejlettsége, a gyógyszerek, az életmód és az étrend is. A felnőttek bélflóráját elsődlegesen Bacteroides, Bifi dobacteria, Eubacteria és Peptostreptococcus fajok kolonizálják, de előfordulnak benne egyéb Streptococcus, Lactobacillus, Enterococcus, Clostridium és Bacillus fajok is. Az egészséges bél mikrobiom többek között védőrétegként funkcionál a bélrendszerbe kerülő patogénekkel szemben, esszenciális vitaminok (pl. tiamin, piridoxin, K-vitamin, folsav) szintéziséért és komplex poliszacharidok degradációjáért felelős, emellett hozzájárul az immunrendszer kiegyensúlyozott működéséhez is.