A csecsemőkorban kialakuló bélflóra, vagyis a mikrobiom kulcsszerepet játszik az immunrendszer és az anyagcsere-funkciók érésében, és ennek a folyamatnak kulcsfontosságú befolyásoló tényezője az anyatejes táplálás. Az anyatej nemcsak a csecsemő táplálására szolgál, hanem abban is segíti az újszülöttet, hogy képes legyen alkalmazkodni a külvilág és így a mikrobiális expozíció jelentette terheléshez. Az anyatej azáltal biztosít védelmet a csecsemőnek, hogy számos bioaktív molekulát tartalmaz, többek között anyatej-oligoszacharidokat. Ezeket a csecsemő nem képes megemészteni, így azok változatlan formában jutnak a vékony- és vastagbélbe, ahol több feladatot is betöltenek, többek között prebiotikumként funkcionálnak. Ugyanakkor a bélbaktériumok csak adott HMO-kat képesek lebontani, mivel enzimkészletük specifikus. A Bifidobacteriumok a legjelentősebb, de nem az egyetlen, a HMO lebontására alkalmas génekkel rendelkező kommenzális mikroorganizmusok.