A kórházi fertőzések, amelyek számos pácienst érintenek világszerte, a betegbiztonság fontos komponensei közé tartoznak. Európában megközelítőleg minden tizenötödik beteg kap fertőzést a kórházban töltött idő alatt. A kórházi környezet higiéniai állapotának közel folyamatos ellenőrzése jelenleg is komoly feladat az intézmények számára, és az egyes kritikus kórokozók (például multidrogrezisztens patogén baktériumok) megjelenése azonnali beavatkozást igényel. A nosocomialis kórokozók terjedését a kórházi környezetben elsősorban a gyakran érintett felületek és a kézhigiénia befolyásolja, az egyes kórokozókat azonban gyakran már csak a fertőzés kialakulásakor sikerül azonosítani. A nukleinsav-alapú eljárások segítségével - mint például a PCR (polymerase chain reaction) és az újgenerációs szekvenálás - hatékonyabban kimutathatók a nem tenyészthető kórokozók is. Továbbá az újgenerációs szekvenálási eljárás nemcsak a környezeti mikrobiom fajösszetételéről adhat információt, hanem különböző rezisztenciagének jelenlétéről és rezisztenciamechanizmusokról is. Ez alapján elmondható, hogy a felületek, a levegőminták és a szennyvíz mikrobiomjának molekuláris módszerekkel történő vizsgálata hasznos további információt adhat a klasszikus környezetmonitorozási eljárások mellett. Ebben a dolgozatban célunk átfogó képet adni arról, hogy a fent felsorolt eljárások milyen módon alkalmazhatók a környezet mikrobiális állapotának felmérésére, és ezáltal milyen kiegészítő információkat nyújtanak a betegbiztonság növeléséhez.  Kulcsszavak: metagenomika, szekvenálás, PCR, antibiotikumrezisztencia, környezeti mikrobiom