A csecsemő perinatális időszakban kialakuló bélflóráját a szülés módja, az anyatejes táplálás, a korai időszakban alkalmazott antibiotikus terápia nagyban meghatározza. A bélflóra eltolódás következtében nem csak az akut megbetegedések száma növekszik: ebben a populációban gyakrabban lépnek fel allergiás megbetegedések, diabétesz mellitusz, gyulladásos bélbetegség stb. Egyes probiotikus törzsek hatékonyan modulálják a csecsemő kolonizációját, hasonlatossá téve a hüvelyi úton született, anyatejjel táplált csecsemők bélflórájához.