Az emésztőrendszeri mikrobiota egy komplex rendszer, amely magába foglalja a bélrendszerben élő mikroorganizmusokat: baktériumokat, gombákat, vírusokat és eukaryota egysejtűeket. A mikrobiom ezen mikrobák összes genomját jelenti. A bélrendszeri mikrobiota fontos szerepet játszik az egészséges bélnyálkahártya fenntartásában. A bélflórához tartozó mikróbák száma és összetétele nagy változatosságot mutat. A mikrobiota születéstől kezdve alakul ki és a környezeti hatások következetében dinamikusan változik. Jelentősen befolyásolja a mikrobiota összetételét a diéta, az antibiotikumok és más gyógyszerek szedése. Egyes betegségekben is megfigyelték a mikrobiom kóros változását, és ennek stabil helyreállítása egy komoly kihívást jelent.