Az immunszuppresszív kezelések során a kezdés előtt kötelező a hepatitis B- és C-vírus (HBV és HCV) fertőzések szűrése. HBV-fertőzés esetén tisztázandó a pontos szerológiai státusz, a HBsAg, a HBV DNS, az anti-HBc és anti-HBs jelenléte. A HBsAg pozitív esetekben, de a korábbi lezajlott, és gyógyultnak gondolt fertőzés esetén is (HBsAg negatív és anti-HBc pozitív), súlyos klinikai tünetekkel járó reaktiváció következhet be, mivel a vírus a májsejt magjába integrálódik a betegek élete végig. A reaktiváció a HBsAg pozitívakban lényegesen gyakrabban alakul ki, mint a csak anti-HBc pozitívakban. A reaktiváció valószínűsége az alkalmazott immunszuppresszív kezeléstől, az alapbetegségtől is nagyon függ. Leggyakoribb a hematológiai betegségekben, lymphomákban. A gyulladásos bélbetegségekben lényegesen szerényebb mértékű, de minden hajlamosító betegségben gondolni kell rá. A reaktiváció megelőzésére nukleozid analóg profilaxis adása kötelező, ahol a valószínűsége magas, egyéb esetekben a szoros megfigyelés elegendő. A profilaktikus kezelést az immunszuppresszív kezelés befejezése után 6-12 hónapig kell fenntartani. A szeronegatív betegeket az immunszuppresszív kezelés megkezdése előtt HBV elleni vakcinációban kell részesíteni. A krónikus C-vírus hepatitis esetén a reaktiváció valószínűsége sokkal ritkább, a szükséges immun­szup­presszív kezelésnek, biológiai terápiának általában nincsen akadálya. Súlyos előrehaladott cirrózis esetén indokolt a szoros megfigyelés. Az új interferon-mentes kezelések a HCV-fertőzés fellángolás esetén is biztonságot nyújthatnak.