A cystás fibrosis kórlefolyása során számtalan légúti fertőzés okoz gyulladást és szöveti károsodást. Ezek a folyamatok megteremthetik a gombás fertőzések előfordulásának lehetőségét. Az egyik leggyakoribb pathogen az Aspergillus fumigatus, ami leggyakrabban allergiás bronchopulmonalis aspergillosis formájában jelenhet meg cystás fibrosisban. Ritkábban, de előfordulhat aspergilloma és invazív aspergillosis is. Ezek a betegségek olykor jelentős diagnosztikai és terápiás nehézséget jelenthetnek.