A cornea sejtrétegeinek elemzésére kifejlesztett in vivo konfokális corneamikroszkópok (IVCM) sejtszinten valós időben képesek vizsgálni a szaruhártyát, amely által lehetővé válik már apró változások felismerése, korai bizonyos diagnózisok megerősítése, differenciáldiagnosztikája. Az IVCM-ek a konfokalitás elvén működnek, amikor az alkalmazott fény és az objektív fókuszpontja egy pontba esik. Az IVCM-ek használata nagy felbontású felvételt biztosít, speciális formái alkalmasak a szaruhártya rétegeinek vizsgálatára, a szaruhártya felszínével párhuzamos optikai szeleteket készítve. Az in vivo konfokális corneamikroszkópok többgenerációs fejlődésen mentek keresztül. A tandem-scanning típusú mikroszkópokat (TSCM) idővel felváltották a slit-scanning konfokális mikroszkópok (SSCM), valamint a lézer-scanning (LSCM) típusú készülékek. Az IVCM objektív részének axiális irányba való állításával a szaruhártya rétegei láthatóvá válnak, mélységi felvételei készülnek, amelyek adathordozóra kerülnek. Az LSCM-ek képfeldolgozási elve alapján különböző fényszórási tulajdonságokkal rendelkező felületek elkülöníthetővé válnak, úgymint citoplazma vagy extracelluláris folyadék találkozása lipidben gazdag membránnal. Az egészséges szaruhártya rétegei, az epithelium sejtrétegei, a subepithelialis idegplexusok, a stroma rétegei, az endothelium jellegzetes alaki, szerkezeti tulajdonságaiból felismerhetőek, elemezhetőek, sejtdenzitásuk meghatározható. A konfokális mikroszkópia alkalmas számos diagnózist megerősítő, szaruhártyát érintő eltérés kimutatására, kóros szaruhártya-állapotok követésére egyaránt. Leggyakoribb és legfontosabb alkalmazási területük a szaruhártya-fertőzések (bakteriális, vírusos, gombás, acanthamoebás) korai diagnosztikájában, differenciáldiagnosztikájában van. Cukorbetegség következményei, valamint kontaktlencse-viselés, szárazszeműség, idegen test utáni szaruhártyát érintő elváltozások megfigyelését teszik lehetővé. IVCM-es felvételek cornealis disztrófiák felmerülő differenciáldiagnosztikai nehézségei esetén segítséget nyújtanak, illetve azokról kiegészítő információt adnak (pl. epithelréteg, subbasalis idegréteg, keratocytadenzitás, endothelium változása). Refraktív sebészeti eljárások utáni szaruhártya-állapot (pl. epithelium változása, idegregeneráció) nyomon követésére, illetve transzplantációk utáni szaruhártyák (pl. keratocyta repopuláció, endothelium-denzitás, reinnerváció) követésére szintén alkalmasak a cornealis mikroszkópok.