A normál hüvelyflóra valamennyi alkotóelemével együtt dinamikusan változó ökoszisztémát alkot. Ez egy önmagát szabályozó rendszer, amelynek egyensúlyát különböző tényezők tartják fenn. Ezek közé tartoznak a leváló hámsejtek, a normál mikroorganizmusok (főleg laktobacillusok), helyi sejtes immunitási tényezők és az erősen savas pH (3,8-4,2), amely különösen kedvezőtlen a különféle kórokozók számára. A hüvelyi mikrobiom jellegzetessége a laktobacillusok dominanciája, amelyek hidrogén-peroxid (H202)- és tejsav-termelés révén fenntartják az erősen savas vegyhatást.