A fejfájások hátterében ritkán, de előfordulhat súlyos betegség, ezért a legfontosabb vészjelek ismerete alapvető. A visszatérő fejfájás miatt orvoshoz fordulók túlnyomó többségének az agyi fájdalomérző rendszer működészavarán alapuló önálló fejfájása van: az ide tartozó két leggyakoribb kórkép a migrén és a tenziós fejfájás. Rohamkezelésre - fejfájástípustól függetlenül - minden olyan esetben szükség van, mikor a fejfájás a tevékenységet zavarja; legtöbbször NSAID készítményeket alkalmazunk, míg erősebb migrén vagy cluster fejfájás esetén specifikus gyógyszerek a szerotonerg rendszerre ható "triptánok". A fájdalomcsillapítók gyakori alkalmazása a meglévő fejfájások romlásához, illetve ún. fájdalomcsillapító-túlfogyasztáshoz társuló fejfájás kialakulásához vezethet. Gyakori fejfájások esetén többek közt emiatt is van szükség profilaktikus kezelésre: ilyen célra migrén esetén egyes antiepileptikumokat, triciklikus antidepresszánsokat, béta-blokkolókat alkalmazunk leggyakrabban, míg tenziós fejfájás esetén elsősorban triciklikus antidepresszánsokat. Az ún. alternatív módszerek alkalmazása azért problematikus, mert kevés kivételtől eltekintve hiányoznak a hatékonyságukat és biztonságosságukat alátámasztó vizsgálatok.