Autoimmun betegség (AIB) akkor lép fel, amikor az immunrendszer a saját szöveteire vagy szerveire támad. Napjainkban már több mint 80 olyan betegség ismert, amelyek etiopatogenezisében autoimmun mechanizmus játszik szerepet. A klinikailag manifeszt AIB a genetikai, epigenetikai és környezeti tényezők együtthatásából jön létre. A prezentációs tüneteket az autoimmun támadás helye határozza meg. Attól függően, hogy a kóros válasz meghatározott sejt, szerv vagy az egész szervezet ellen irányul, megkülönböztetünk sejt-, szövet- vagy szervspecifikus, illetve szisztémás autoimmun megbetegedéseket. A szervspecifikus AIB-ek kialakulásában kezdetben az érintett szervet lymphocyták és macrophagok infiltrálják, ami a szervben működési zavart okoz. A későbbiekben az érintett szerv atrofizálódik, működése leáll. Ez a T-sejt mediálta autoimmun folyamat rövidebb-hosszabb időt vesz igénybe, amelynek során az érintett szerv specifikus antigénjei ellen - még a klinikailag manifeszt betegség fellépése előtt - a vérben ellenanyagok mutathatók ki. Az antitestek kockázati markert jelentenek, és alapját képezik a betegségek felderítésére irányuló szűrővizsgálatoknak.