A gombás szaruhártya-gyulladás felismerése, laboratóriumi kimutatása és kezelése sok nehézségbe ütközik, igen időigényes, így jóval nagyobb kihívást jelent, mint egy bakteriális fertőzés. A gombás szaruhártya-fertőzés szempontjából rizikófaktornak számít a növényi részekkel való sérülés, a különböző szemfelszíni betegségek, a kontaktlencse-viselés és a szteroid tartós helyi használata. A klinikai képre jellemző, hogy a hámhiány mérete nem éri el a stroma-infiltráció méretét, a szaruhártya állományának infiltrációja inkább szilárd állagú, felszíne kissé kiemelkedhet, színe lehet fehéres, szürkés, akár barnás is, alakja általában szabálytalan, térképszerű. Az infiltráció széléből "pelyhes" elágazódó nyúlványok húzódhatnak kifele, igen jellemző a szatellit infiltrációk jelenléte. Kifejezetten gombás keratitisre mutat, ha csak a stroma legmélyére lokalizálódik úgy, hogy a hátlapra hozzá csatlakozóan gennyes plakk tapad. A gyakran előforduló hypopyon állaga gyakran meglehetősen sűrű, nyúlós, kiemelkedő "piramis" alakot vesz fel. Laboratóriumi diagnosztikában legfőbb eszköz a tárgylemezre kikent, megfestett kaparék mikroszkópos vizsgálata és a tenyésztés speciális táptalajokon. A gombák okozta szaruhártya-gyulladások kezelése rendkívül nagy kihívást jelentő, igen nehéz és komplex feladat. A felismerés után a konzervatív kezelést azonnal meg kell kezdenünk. mennyiben a gomba még egyáltalán nem ismert, az első választandó szer a 0,15-0,2% -os Amphotericin-B szemcsépp, amely az első napokban sűrűn adandó, a hám eltávolítása szükséges a szer megfelelő corneális penetrációjának érdekében. A hatástalannak bizonyuló Amphotericin-B helyett 1% voriconazol vagy gyári Natacyn cseppre érdemes váltani. Helyileg adott szteroid szemcsepp szigorúan tilos! Szisztémás gomba ellenes kezelés csak súlyos esetekben indokolt. Súlyos, konzervatív kezelésre nem reagáló esetben sebészi beavatkozásra (pl. keratoplasztika, kötőhártya-fedés) kényszerülünk.