A szamárköhögés megelőzésének egyetlen hatásos módszere a védőoltás. A lakosság széles körű oltását az országok többségében az 1950-es években vezették be elölt Bordatella pertussis baktériumot tartalmazó vakcinával. Ezt követően a megbetegedések száma drámaian csökkent. Az utóbbi 10-18 évben az országok többségében ún. acelluláris vakcinára tértek át. Ez az oltóanyag szintén hatékony, de idővel a védettség csökken, és számos országban a szamárköhögés újraéledését, járványos szaporodását tapasztalják. Amíg új, hatékonyabb oltóanyagok nem állnak rendelkezésre, a teljes átoltottság fenntartása és megfelelő időben adott emlékeztető oltások szolgálhatják a pertussis biztonságos megelőzését.