A humán mikrobiom (mikrobióta), az emberi testtel együtt élő mikroorganizmusok összessége eukariótákat (pl. amőbák, gombák, férgek), archeákat, baktériumokat és vírusokat (bakteriofágok, eukarióta DNS- és RNS-vírusok) egyaránt tartalmaz. Míg a tradicionális mikrobiológia az egyedi fajokat izoláltan tanulmányozza, addig a DNS-szekvenáló technológiák fejlődése új kutatási irányt hozott létre: a metagenomika lehetővé teszi azoknak a mikrobiom 99%-át kitevő mikroorganizmusfajoknak a tanulmányozását, amelyeket lehetetlen izolálni és tenyészteni (valószínűleg azért, mert növekedésük speciális mikrokörnyezetüktől függ).