Az antimikrobás szerek többségével szemben rezisztens kórokozók súlyos problémát - nozokomiális infekciót - okoznak a kórházakban. Nehezen kezelhető fertőzéseket okozva növelik a kezelési költségeket, a morbiditást és a mortalitást. Korai kimutatásuk esetén a fertőzések, helyi járványok hatékonyabban kontrollálhatók. A modern diagnosztikában helyet kapnak a klasszikus tenyésztéses módszerek (szelektív táptalajok); a betegágy mellett használható gyorstesztek; a mikroorganizmusok azonosítására alkalmas tömegspektrométer (MALDI-TOF); illetve speciális molekuláris biológiai eljárások. A jövőben újabb technikák, pl. a teljes baktériumgenom szekvenálás, az optoelektromos film array, vagy real-time automatizált mikroszkópia megjelenése és elterjedése várható. A diagnosztikától függetlenül továbbra is a megelőzés az, amivel a multirezisztens kórokozók okozta veszély csökkenthető.