A légutak a legkülönfélébb vírusfertőzéseknek vannak folyamatosan kitéve. A fertőzést követően súlyos gyulladás alakulhat ki. Elsődleges vírusfertőzés során a természetes immunrendszer aktiválódása gátolja a vírusok szaporodását és pusztítja a fertőzött sejteket. A gyulladás mielőbbi megszűnése az adaptív immunitás megindulásával kapcsolatos. Makrofág, neutrofil és természetes ölősejtek mechanikus módon takarítják el az influenzavírus, RSV és más vírusok által fertőzött hámsejteket. Az influenza-, parainfluenza-, corona-, respiratory syncytial vírus konzerválódott molekuláit (PAMP) ismerik fel a fertőzött immun- és nem-immunsejtek. A sejtfelszíni TLR2, TLR4 molekulák, C-típusú lektin receptorok a vírusok borítékának egyes molekuláit, az endosomákhoz kötött TLR3, TLR7, TLR8 a virális nukleinsavak egyes részeit ismerik fel és kötik meg. Ezt követően a fertőzött sejtek cytosoljában a RIG-IINLRP3 inflammasomák aktiválódnak, és számos további molekula részvételével antivirális stressz granulumok jönnek létre. Ezek antivirális és/vagy gyulladás serkentő mediátorok termelését indítják el. A fertőzött sejtekből kiszabaduló molekulákat (DAMP) szintén felismerik a természetes immunrendszer sejtjei, majd az inflammasoma rendszeren keresztül ugyancsak hozzájárulnak gyulladás serkentő és más mediátorok termeléséhez. Influenza-, dengue-, La Crosse-, nyugat-nílusi vírus esetében jól ismert, hogy az egyes strukturális és nem strukturális vírusfehérjék gátolják a stressz granulumok működését, az interferonok, az interferonok által stimulált gének, interferon reguláló faktorok aktiválódását, elősegítve ezzel saját szaporodásukat, a légúti hámsejtek pusztulását, illetve gátolják a specifikus humorális és celluláris immunválasz megindulását. A természetes légúti limfoid sejtekből felszabaduló IL-33, IL-13 viszont elősegíti egyes influenzavírus típusok okozta szövetkárosodás gyógyulását. A légzőrendszer sejtjeiben a TGF-J3 és a CD200 által közvetített jelzések fokozzák a légúti vírusfertőzésekkel szembeni toleranciát, bár a vírustermelés nem gátolt. Az IL-17 ellentétes hatású. Végeredményben a PAMP és DAMP vírushatásokat érzékelő funkcióknak az inflammasomákon és citokineken átívelő hatásait zavarják össze a légúti vírusok szaporodása során keletkezett RNS vagy fehérje molekulák, hatástalanítva összehangolt működésüket.