A malignus melanóma patológiai klasszifikációja az utóbbi években csak az UV-besugárzással kapcsolatos jelenségek tekintetében változott. Ugyanakkor megszületett a melanóma molekuláris klasszifikációja, amely a három leggyakoribb génhiba mellett (BRAF, NRAS, CKIT) számos ritkább altípust azonosított. Ezek a markerek azonban nem alkalmasak a jó- és rosszindulatú melanocitás léziók elkülönítésére. Erre a célra az ún. melanómamarkerek sem alkalmasak, mivel ezek döntően a melanoszómákat alkotó fehérjék, amelyek elsősorban a differenciáldiagnosztikában nyújtanak segítséget. Újabban in situ hibridizációs eljárásokat alakítottak ki, melyek elég specifikusak a malignus pigmentsejtes léziókra. Újabb gondot okozhatnak az áttéti szövetekben (nyirokcsomó, bél, agy) normálisan is jelen lévő melanociták, mert ilyenkor csak molekuláris eszközökkel lehet a melanómasejteket azonosítani.