Jelentős változás a korábbiakhoz képest, hogy 2013. január 1-jétől a támogatott gyógyszerek és a gyógyászati segédeszközök rendelését, kiadását és a felhasználás ellenőrzésének szabályait is kormányrendelet állapítja meg, miközben az OEP által kidolgozott egyéb szabályozásokat, amelyek az egészségbiztosítási rendszer és az Egészségügyi Alap működését hivatottak biztosítani, már 2011 vége óta jóvá kell hagynia a minisztériumnak. Ugyanakkor az állami járó- és fekvőbeteg-ellátást végző intézmények finanszírozási szerződéseinek megkötése és tartalmuk meghatározása továbbra is az OEP feladatkörébe tartozik.