A mélyvéna trombózis a vénás rendszer bármely szakaszán kialakulhat, de leggyakrabban az alsó végtagok mélyvénáiban fordul elő, tüdőembóliával vagy anélkül. Trombotikus esemény kialakulhat a felső végtagon, a cerebrális szinuszokban és a splanchnikus vénákban is. Bár ezek a trombózisok ritkák, gyakran súlyos klinikai állapotot eredményeznek, jelentős mortalitással járnak. Ugyanolyan kezelést igényelnek, mint az alsó végtagi mélyvéna trombózis. Élethosszig tartó antikoaguláns kezelés csak súlyos trombofília és ismétlődő trombózisok esetén ajánlott.