A HPV alacsony rákkockázatú típusai az anogenitális régióban szemölcsöket okoznak, ami igen gyakori, az életminőséget kedvezőtlenül befolyásoló kórállapot. A HPV magas rákkockázatú típusai méhnyakrákot, hüvelyrákot, a külső női és férfi nemi szervek, a végbélnyílás laphámrákját, valamint száj-garatüregi rákokat okozhatnak. A bivalens és a kvadrivalens HPV elleni vakcina egyaránt hatékony a HPV 16,18 okozta méhnyakrák és a súlyos méhnyaki diszpláziák megelőzésében, a kvadrivalens védőoltás ezen túlmenően a hüvely- és szeméremtestrákot, valamint a HPV 6,11,16,18 által okozott nemi szervi szemölcsöket is kivédi. A kvadrivalens vakcina hatékonyságát kemény végpontú populációs vizsgálatok igazolják. Az ausztrál nemzeti HPV vakcinációs program eredményeként 3 év alatt 38%-os csökkenést értek el a súlyos méhnyaki diszpláziák gyakoriságában, 2 év alatt pedig a nemiszervi szemölcsök gyakoriságának 59%-os csökkenését tapasztalták. Az Egyesült Királyságban gazdaságossági számítások alapján 2012-től a bivalens helyett a kvadrivalens védőoltást vezetik be a nemzeti HPV vakcinációs programba.