Az allogén őssejt-transzplantáció manapság is az egyetlen bizonyítottan kuratív terápiás megoldás krónikus myeloid leukaemiában. Az imatinibbel elért kiváló korai és középtávú eredmények azonban rendkívül meggyőzőek, ezért manapság az allogén transzplantáció második vagy harmadik vonalbeli kezeléssé vált. Az allogén őssejt-transzplantáció igen hatékony kezelési mód azoknál a CML-ben szenvedő betegeknél, akik előre meghatározott időintervallumokban vizsgálva nem megfelelően válaszolnak imatinibkezelésre, akik elveszítik korábbi jó válaszukat, vagy akiknél az alapbetegség akcelerációja mutatható ki. A gondos betegszelekció igen fontos eszköz, ugyanis meg kell tudni különböztetni azokat a betegeket, akiknél jó eredmény várható 2. generációs tirozinkináz-inhibitor terápiára, azoktól, akiknél elkerülhetetlen a nagyobb kockázattal járó beavatkozás, az allogén őssejt-transzplantáció. Allogén őssejt-transzplantációt követően a CML-es betegeket élethosszig szükséges gondozni, döntő fontosságú a minimális reziduális betegség monitorozása, hogy a betegség visszatérésének igen korai jeleinél azonnali beavatkozásra (pl. donorlymphocyta-infúzió vagy újabb imatinibkezelés) kerülhessen sor.