A protonpumpa-gátlókat (omeprazol, lansoprazol, pantoprazol, rabeprazol, esomeprazol) széles körben alkalmazzuk a refluxbetegség, a gyomor- és nyombélfekélyek gyógyítására, legyen az akár asszociált Helicobacter pylori fertőzéssel, vagy jelentkezzen anélkül. Az extra-oesophagealis szindrómák kezelésében is hatékonyak, a terápia részét képezik. A nonszteroid és szteroid típusú gyulladáscsökkentők alkalmazásakor fekélymegelőzésre, a súlyos állapotú intenzív osztályos ellátást igénylő beteg esetében stressz-ulcus profilaxisra és kezelésre indikáljuk. A Helicobacter pylori infekció kezelésében nélkülözhetetlen gyógyszerek. Emellett számtalan egyéb kórkép során kialakuló felső gasztrointesztinális fekély (pl. Crohn-betegség, iszkémia, vírusfertőzések) esetén alkalmazzuk. Barrett-nyelőcső kialakulása esetén a szekunder prevenció eszközei a protonpumpa-gátlók, mivel fontos cél a rák irányába történő progresszió lassítása vagy megakadályozása. Mára már több ezer várandós vizsgálatával és adatainak feldolgozásával nyert eredmények azt bizonyítják, hogy ezen gyógyszerek alkalmazása szintén biztonságos terhességben.