A kreatin döntő szerepet játszik az agy- és izomszövet energiaellátásában. Kreatinhiányos állapotokban az agyszövet energiazavara miatt mentális retardáció a beszédfejlődés elmaradásával és magatartási zavarokkal, epilepszia és extrapiramidális tünetek, az izomszövet érintettsége miatt pedig izomhipotónia alakulhat ki. A kreatinhiányos állapotok hátterében a szintézisben részt vevő két enzim: az argininglicin-amidinotranszferáz vagy a guanidinoacetát-metiltranszferáz elégtelen működését, illetve a kreatin sejtekbe történő felvételéért felelős kreatintranszporter fehérje károsodását mutatták ki. A szintéziszavarok hatékonyan kezelhetők a kreatin pótlásával. A terápia akkor a leghatékonyabb, ha időben, az irreverzíbilis károsodások kialakulása előtt bevezetésre kerül. Ezért megkésett beszédfejlődéssel vagy magatartási zavarokkal járó mentális retardáció és ismeretlen eredetű epilepszia esetén javasolt a kreatinhiány kimutatására alkalmas diagnosztikai vizsgálatok minél korábbi elvégzése. Kreatintranszport-zavarban az intracelluláris kreatinkészlet növelésére alkalmazott terápiás próbálkozások eredményei ellentmondóak.