Az antibiotikumok nemcsak a kórokozó baktériumokra, hanem a velünk együtt élő jótékony baktériumokra is hatással vannak: alkalmazásuk során gyengül az intesztinális baktériumflóra is, ami a betegség utáni lábadozás elhúzódásához vezet. A bélflóra károsodásának legsúlyosabb tünete az antibiotikumkezelés mellett kialakuló hasmenés (antibiotic-associated diarrhoea - AAD). A kórképnek nagy jelentősége van, hiszen az AAD előfordulási gyakorisága 5-30 százalék között mozog az antibiotikum-terápiában részesülő felnőttek és 11-40 százalék a gyermekek esetében. Az AAD esetek nagyobbik részében kórokozó nem mutatható ki. Ilyenkor a hasmenés létrejöttében elsősorban a normális bélflóra egyensúlyának a megbomlása játszik szerepet. A leggyakrabban amoxicillin-klavulánsav, ampicillin és a cefalosporinok adása kapcsán jelentkezik hasmenés, de lényegében bármelyik antibiotikum adásakor előfordulhat.