A GERD szövődményes esetei hosszú ideig lehetnek tünetmentesek. Féléves sikertelen konzervatív kezelést követően a műtét mérlegelhető, amelynek előfeltétele a megfelelő kivizsgálás (légúti betegség irányában is). Mégis a gyógyszeres kezelés az elsődleges: alapvető fontosságú a szövődmények (vérzés, stenosis, Barrett-oesophagus, carcinoma) megelőzése. A hosszú távú protonpumpagátló-kezelés, a Helicobacter eradikáció kombinált kezelése a bélflórát is érintheti. Javasolt ilyen esetekben a probiotikumokban gazdag étrend és szükség esetén probiotikus kezelés.