A polycystás ovarium szindróma népbetegség, kezelése is ennek megfelelő figyelmet érdemel. Polycystás ovarium szindrómában a metformin csökkenti az androgének szintjét, javítja a menseszavart, a hirsutismust, az ovulációs arányt, szintén javítja az életmódi kezelés hatékonyságát a visceralis elhízásra, az endothelfunkciót, az LDL-koleszterin-szintet, és joggal feltételezhető, hogy ebben a betegcsoportban is csökkenti a diabetes incidenciáját. A metformin a trigliceridszint és az inzulinérzékenység szempontjából jobb, mint az antikoncipiens/antiandrogén szerek, de kevésbé hatékony az androgénszint csökkentésében, a cikluszavar rendezésében és feltételezhetően az endometriumcarcinoma kockázatának csökkentésében. A metformin alkalmazása mellett is javul a fertilitás, de ha az infertilitás a fő probléma, nem primer metformin-monoterápia javasolt, hanem ovulációindukció, az ovariumok laparoszkópos megkisebbítése (drilling), illetve in vitro fertilizáció, amelyeket azonban bizonyos esetekben a metformin is hatékonyan támogat.