Az autoimmun thyreoiditisre (AIT) limfocitás beszűrődés, pajzsmirigy elleni antitestek jelenléte és echoszegény ultrahangfelvétel jellemző. Az AIT a hypothyreosis leggyakoribb oka. A nők tízszer olyan gyakran érintettek, mint a férfiak. A T- és B-sejtes immunitás zavara antitesttermelődéshez és autoimmun sejtpusztuláshoz vezet. A pajzsmirigy autoimmun betegségei családi halmozódást mutatnak. A fiziológiás szintet meghaladó jódbevitel is autoimmun folyamatot válthat ki. Az AIT-hoz más autoimmun betegségek (pl. 1-es típusú diabetes mellitus, vitiligo, anaemia perniciosa) is társulhatnak. A pajzsmirigy többnyire kemény tapintatú, a laboratóriumi leletekben emelkedett thyreoidea-peroxidáz elleni (TPO-AT) és részben tireoglobulin elleni antitestek észlelhetők. A terhességek kb. 7%-ában lehet számítani szülés utáni AIT kialakulására. Klinikai tünetek esetén a post partum időszakban ellenőrizni kell a TSH-szintet. Citokinkezelés alatt ajánlatos rendszeresen ellenőrizni a TSH-szintet. Latens hypothyreosisban L-tiroxin-pótlásra van szükség, a cél a TSH referenciatartományának elérése.