A saját antigénekkel szembeni immunválasz szabályozása magába foglalja az autotolerancia fenntartását is. Ha a tolerancia sérül, az immunrendszer a sajátot idegenként ismeri fel, és celluláris valamint humorális immunreakciót hoz létre ellene, ami autoimmun betegség kialakulásához vezet. A tolerancia megváltozásában genetikai és környezeti tényezők egyaránt közrejátszanak. A tolerancia aktív folyamat, centrális és perifériás része is van, mindkettőben részt vesznek a T- és B lymphocyták. A tolerancia elvesztése elméletileg számos módon megtörténhet. Ezek közül a legkézenfekvőbb a perifériás tolerancia károsodása azokban az autoimmun betegségekben, amelyek igen szelektív módon csak egyes szerveket érintenek. Mivel egyes endokrin betegségekhez gyakrabban társulnak egyéb autoimmun endokrin és nem endokrin kórképek, az ilyen betegségek fennállása esetén rendszeres szűrővizsgálatokkal keresni kell a társult kórképet. Továbbá szisztémás autoimmun betegségekhez gyakran társulhatnak autoimmun endokrin kórképek, így lehetséges az is, hogy a felfedezett endokrin megbetegedés esetleg egy szisztémás autoimmun betegség részjelensége. Ezért is fontos a pontos diagnózis felállítása és a lehetséges endokrinológiai kapcsolatok tisztázása.