Az utóbbi évtizedben az antikoaguláns és thrombocytaaggregáció-gátló készítmények alkalmazása a különböző szív- és érrendszeri, illetve vérképző szervi betegségekben széles körűvé vált. Ezek a készítmények a thromboemboliás események kockázatának csökkentését szolgálják, ugyanakkor növelik az emésztőrendszeri vérzés lehetőségét. Az endoszkópos beavatkozások során az antikoagulálás felfüggesztése, ezáltal a thromboemboliás szövődmények kialakulásának kockázata minden esetben gondosan mérlegelendő a kezelés folytatásával járó fokozott vérzés kockázatával. Ideiglenes antikoagulálásra szoruló betegeknél (például a mélyvénás thrombosis eseteiben) az elektív endoszkópos beavatkozások későbbi időpontra halasztandók. Kis vérzési kockázatú endoszkópos vizsgálatok előtt (például diagnosztikus vizsgálatok biopsziával) nem szükséges az antikoaguláns kezelés módosítása vagy felfüggesztése. Fokozott vérzési kockázattal járó beavatkozások eseteiben (mint például a polypectomia és a sphincterotomia) egyéni megítélés szükséges; az orális antikoaguláns kezelés felfüggesztése javasolt áthidaló heparinnal vagy a nélkül (a thromboemboliás kockázat függvényében). A thrombocytaaggregáció-gátló készítmények (aszpirin, clopidogrel, ticlopidin) szintén fokozhatják az emésztőrendszeri endoszkópos beavatkozásokkal járó vérzés kockázatát. Felső pánendoszkópia előtt nem szükséges a kezelés felfüggesztése. Egyéb vizsgálatok előtt 4-7 nappal (a szív- és érrendszeri kockázat függvényében) megszakítható a kezelés. Ha az aszpirint elsődleges megelőzésre alkalmaztuk, polypectomia után 14 nappal, sphincterotomiát követően 10 nappal állítható vissza. A másodlagos megelőzés eseteiben a beavatkozást követően egy héttel folytatandó az aszpirin adagolása.