A felismert mikroszkópos colitis gyakorisága a jövőben bizonyára növekedni fog, és a klinikailag jól dokumentált esetek remélhetőleg több, jelenleg megválaszolatlan kérdésre is választ adnak. Mindenképpen fel kell hívni a figyelmet, hogy a mikroszkópos colitis csak a szövettani lelet alapján diagnosztizálható, míg a társuló klinikum (hasmenés vagy ritkábban székrekedés) alapján inkább mikroszkópos colitis szindrómáról beszélhetünk. Differenciáldiagnosztikai szempontból is lényeges a kérdés tárgyalása, hiszen számos más betegség okozhat hasonló tüneteket. A hasi fájdalom, hasmenés (ritkábban a székrekedés) - tehát a mikroszkópos colitisben jellemző tünetegyüttes - például erősen emlékeztet az irritábilis bél szindróma alcsoportjaira. Sok esetben utóbbi diagnózissal kezelik őket, nyilván kevés sikerrel. A kórkép felismerésében alapvető az alapellátásban dolgozó orvosok szerepe, hiszen ők találkoznak először - majd később akár nap mint nap - azzal a beteggel, akinél az egyre több panaszt okozó makacs hasmenés (vagy ritkábban székrekedés) kialakul. Ez, mivel a szokásos tüneti kezelés nem hoz eredményt, fokozatosan rombolja a beteg életminőségét. Ha ilyenkor felmerül organikus eltérés gyanúja, a többi között mikroszkópos colitis lehetősége, mindenképpen érdemes továbblépni, a beteget felkészült centrumba utalni.