A funkcionális MR (fMR) egyre növekvő szerepet kap a neurológiai betegségek kivizsgálásában. Összefoglalónkban az fMR szerepét tárgyaljuk a leggyakoribb kórképekben. Mivel az fMR megbízható és reprodukálható vizsgálóeljárás, az utóbbi időben az epilepszia műtét előtti kivizsgálásának alapvető eszközévé vált az elokvens területek és az epilepsziás góc viszonyának meghatározásában. Előzetes adatok alapján a memóriaaktivált fMR képes előre jelezni az epilepsziaműtét utáni memóriaproblémákat. Beszédaktivált fMR a féltekei dominancia meghatározásának leggyakrabban használt eszköze. Az agy látás- és mozgásközpontjai rutinszerűen meghatározhatók fMR segítségével, amely lényegesen megkönnyíti az epilepszia sebészeti kivizsgálást. Az fMR EEG-vel kombinálva ígéretes új diagnosztikai eljárás lehet mind az epileptológiában, mind az alvásmedicinában. Az fMR hasznos vizsgálóeljárás a veszélyeztetett, de menthető agyi területek meghatározásában akut cerebrovascularis eseményt követően. Az fMR prognosztikai jelentőségű a stroke hosszú távú funkcionális kimenetelében és rehabilitációjában. fMR segítségével a látás, motoros és memóriarendszerek adaptív reorganizációját láthatjuk tünetmentes relapszus remisszió kórformájú sclerosis multiplexben (SM). Kiterjedtebb reorganizációt látunk szekunder progresszív SM-ben. Ez felveti annak a lehetőségét, hogy az SM különböző formái és stádiumai a reorganizáció különböző formáinak és stádiumának felelnek meg: az SM akkor kezd progrediálni, amikor az agyban kimerültek az adaptív reorganizációs mechanizmusok. Az fMR még a morfológiai eltérések előtt jelezheti a kezdődő Alzheimer-kórt. Egyes vizsgálatok eredményei szerint az fMR segítségével követhetjük a dementia kezelésének hatékonyságát. Az fMR segítségével nyomon követhetjük a Parkinson-kór gyógyszeres és funkcionális idegsebészeti terápiáját, és segít a terápiás hatás megértésében.