Az autoimmun betegségek kialakulásának oka multifaktoriális. Az immuntolerancia-zavar következtében az autoreaktív T- és B-sejtek a szervezet saját antigénjei ellen támadást indítanak, aminek következményeként maradandó szervkárosodások jönnek létre. A betegségek lefolyása krónikus, sok esetben letális kimenetelű, az újabb kezelési eljárások bevezetése ellenére is. Az őssejtkezelés hatékonyságát az autoimmun betegségek állatkísérletes modelljein és a hematológiai kórképekhez társuló autoimmun betegségeken figyelték meg. Bár az eljárás több mint 30 éves múltra tekint vissza, elterjedését az onkológiai protokollok alapján végzett kondicionáló kezelések következtében kialakuló súlyos szövődmények késleltették. Az autológ őssejtkezelésen átesett autoimmun betegek adatainak elemzése rávilágított arra, hogy a protokollok alapján végzett, elsősorban lymphoablatiót okozó kondicionáló kezelés, ha a beavatkozást speciális centrumban végzik, lényegesen csökkenti a mortalitást a terápiás hatékonyság megtartása mellett. Az autoimmun betegségekben alkalmazott autológ CD34+ őssejtkezelés indikációi nemzetközi szinten meghatározottak, elfogadottak. Új multicentrikus vizsgálatok indultak a különböző protokollok hatékonyságának összehasonlítására.