Az infektológiai gondolkodás egyik alappillére, hogy meg kell próbálni "kórokozóban" gondolkodni. Tehát a fertőző beteg magas szinten történő ellátásához -mind a járó-betegellátásban, mind a kórházban- elengedhetetlen az, hogy tudjuk a diagnosztizált vagy gyanított kórkép leggyakoribb kórokozóit, ismerjük a kialakult betegség patomechanizmusát. Csak ezekre alapozva lehet a legoptimálisabb, s egyben a legkevésbé költséges terápiát választani. Számos infekció esetében ez rendkívül egyszerű. Például a scarlatina vagy az erysipelas kórokozója a Streptococcus pyogenes. A diagnózis megállapítása után azonnal, empirikusan, adható penicillin, mert még sohasem tenyésztettek ki penicillin-rezisztens törzseket. A hevenyen kialakuló, fertőzéses eredetű hasmenések (gastroenteritis acuta infectiosa - GI) esetén a helyzet ennél bonyolultabb. Vagyis arról van szó, hogy teljesen hasonló tüneteket és panaszokat, jellegzetes széklet típusokat (pl. vizes, gennyes-véres, véres stb.) számos mikroba okozhat. Ezek előrebocsátása után a gyakorló orvosban joggal felmerül, hogyan kell gondolkodni GI kialakulásakor.