A génexpressziós profil meghatározása során szinte az összes gén aktivitása egy időben elemezhető úgynevezett gén-chipek (gene array) segítségével. A reumatológiában is több ígéretes génexpressziós mintázatot azonosítottak már ilyen módszerrel. Az alapkutatások gerjesztette kezdeti eufória után azonban hamar világossá vált, hogy a génchip- analízist számos tényező befolyásolja, amelyek elsősorban magát a vizsgálati anyagot, másodsorban a nyert adatok elemzését és értelmezését érintik. A szisztémás elváltozások vérből történő kimutatásával kapcsolatban kiderült, hogy a tisztított leukocytapopulációk génexpressziós profiljai jobban feltárják a betegségek okozta elváltozásokat, mint azok a profilok, amelyeket komplex mintákból, például teljes vérből vagy ízületi folyadékból nyernek. A krónikus reumatológiai betegségek klinikai szempontból rendkívül heterogén csoportjában, amely többek között a rheumatoid arthritist (RA), a spondylarthritis ankylopoeticát (SPA), a progresszív szisztémás sclerosist (scleroderma, PSS) és a szisztémás lupus erythematodest (SLE) foglalja magába, a szisztémás (gyulladásos) komponens a betegségtől függően különböző mértékben jelenik meg a patofiziológiában.