Az endoszkópos vizsgálat indikációjának elbírálása és a vizsgálat elvégzése terhességben különösen nehéz feladat, amely tapasztalt vizsgálót kíván. Bár egyrészt helyes a vizsgálatot halasztani a harmadik trimeszter vagy akár a szülés utáni időszakra, mégis bizonyos klinika helyzetekben (pl.: akut felső tápcsatornai vérzés vagy biliaris pancreatitis esetén) az endoszkópos beavatkozást ugyanúgy azonnal el kell végezni, mint azokban az esetekben, ahol nem várandós betegről van szó. A szakirodalomban viszonylag kevés a fellelhető adat, amire támaszkodhatunk, s ezek az adatok is mind retrospektívek. A helyes döntést az is nehezíti, hogy egy-egy gasztroenterológus valószínűleg legfeljebb évente egy alkalommal kerül hasonló döntési helyzetbe Magyarországon. Nem választhatjuk a védekező álláspontot ezekben az esetekben, fontos, hogy mindig a magzat és az anya érdekeinek figyelembevételével is döntsünk.