Az antibiotikumok széles körű, sokszor nem megfelelő használatának jól ismert következménye a rezisztencia fokozódása. Egy másik, az utóbbi két évtizedben, a nemzetközi irodalomban gyakran hangsúlyozott következmény a Clostridium difficile (C. difficile) által okozott nosocomialis hasmenések és az antibiotikum kezelés után kialakuló hasmenések előfordulási gyakoriságának emelkedése. Egyes szerzők véleménye szerint, az antibiotikumok alkalmazásának, mint praedisponáló faktornak a szerepét jelentősen túlbecsülték, mert minden olyan tényező (pl.: parenteralis táplálás, proton pumpa inhibitorok), mely képes megbontani a normál bélflóra egyensúlyát, szintén szerepet játszhat a toxintermelő C. difficile törzsek által okozott infekció kialakulásában. 2002-ben elsőként Montreal, Dél-Quebec több kórházát érintő, magas letalitással járó, nosocomialis C. difficile által okozott járvány hívta fel a figyelmet egy virulensebb törzs, a NAP1/027-es ribotípus egyre gyakoribb megjelenésére. A szigorú infekció kontroll ellenére a törzs kimutatható volt Kanada és az USA különböző területein; majd az Egyesült Királyságban és több európai országban pl.: Hollandiában, Belgium egyes klinikáin, és Franciaországban is. A közölt adatok alapján a törzs egyre gyorsabban terjed, és a NAP1/027-es ribotípus által okozott járvány már több mint 100 kórházat érint.