Napjainkban az egészség-gazdaságtani vizsgálatok egyre növekvő hányada valamilyen mértékben modellezésen is alapul, hiszen az elemzéshez szükséges információ szinte soha nem lelhető fel egyetlen forrásból, például egy klinikai vizsgálatból. A modellezés lehetőséget nyújt a különböző forrásokból származó eredmények szintetizálására, vagyis a klinikai vizsgálatok és egészség-gazdaságtani elemzések eredményeinek olyan kiterjesztésére, amely segítségével az egészségügyi döntéshozó megfelelő információhoz juthat. Magyarországon, más országokhoz hasonlóan, az egészség-gazdaságtani elemzésekhez segítséget nyújtó szakmai irányelv megállapítja, hogy "A modellezés alkalmazása minden olyan esetben elfogadható, ahol a modell transzparens módon kerül bemutatásra, és ahol a modell felhasználja, és nem pedig pótolja a hatásosságra (eredményességre) vonatkozó tudományos bizonyítékokat."