V. E. Frankl a logoterápia és egzisztenciaanalízis módszerét vallási hovatartozástól függetlenül alkalmazhatónak fejlesztette ki. Rendszerének egyik kulcsfogalma, a lelkiismeret, mégis vallási asszociációkat kelt. A jobbára keresztény kultúrkörből kikerülő terapeuták és páciensek némelyike épp a lelkiismeret tekintetében megfogalmazott frankli tézist tart(hat)ja erkölcsi szempontból aggályosnak. A harmadik bécsi pszichoterápiás irányzat alapítója szerint ugyanis az ember e képessége tudattalan mélységben gyökerezik, döntéseink jó részét reflektálatlanul hozzuk meg, ezért ebben az értelemben azt mondhatjuk, az erkölcs nem racionális. A katolikus egyház katekizmusa ezzel szemben határozottan kijelenti: "az erkölcsi lelkiismeret az ész ítélete". E látszólagos ellentét feloldására és azon véleményünk alátámasztására, mely szerint nincs összeférhetetlen ellentmondás a frankli lelkiismeret-fogalom és a hagyományos keresztény tanítás között, a problémafelvetés kontextusának tisztázásával rámutatunk, hogy az erkölcsi momentum csupán felületi dimenzió. A lelkiismeretet legalább két mélységi szinten kell tárgyalni. A keresztény hagyomány és Frankl is ezt teszi, csupán más-más aspektust hangsúlyoznak. Ennek fényében a lelkiismeret racionális, illetve intuitív jellege nem összeegyeztethetetlen. Mindazonáltal egy nem kellően tisztázott ismeretelméleti kérdés, az intuitív megismerés és az értékmegérzés problematikája további vizsgálódást tesz szükségessé.