A gastrooesophagealis reflux betegség savas formájában a kezelés alapja a protonpumpagátló szerek alkalmazása. A terápia eredményességét elsősorban a tünetek alakulásán mérjük le. Szinte mindig tartós, folyamatos gyógyszerelés szükséges. Emelt dózis alkalmazására és kombinációs kezelésre típusos esetekben ritkán kerül sor, extraoesophagealis tünetek esetén azonban a nagyobb adag alkalmazása vált be. A gyógyszerek legkisebb hatékony mennyiségét ma már többnyire fokozatos csökkentéssel keressük meg. A műtéti kezelés elsősorban fiataloknak ajánlható, de nélkülözhetetlen a szövődmények megoldására és volumenrefluxban. Az endoszkópos antireflux-terápia jelenleg inkább csak klinikai kísérlet. A Barrett-oesophagus kezelése gyógyszerekkel vagy antirefluxműtétekkel nem csökkenti a Barrett-carcinoma gyakoriságát; jelenleg leginkább az endoszkópos ablatív terápia ajánlható.