A granulocyták számának csökkenése veszélyes infekciók kialakulására hajlamosít. A betegek jelentős részénél az immunhiányt mucositis, illetve a T- és B-lymphocyták működészavara is súlyosbítja. Az empirikus antimikrobás terápia lényegesen javítja a betegek életkilátásait, de a rezisztens Gram-pozitív és Gram-negatív baktériumok, nem-albicans candidák és egyéb gombák okozta invazív mycosisok jelentősen megnehezítik a betegek további eredményes kezelését. A súlyos infekciós szövődmények kockázata sikeresen megbecsülhető, de a kis rizikójú betegcsoport intézményen kívüli kezelése nem minden esetben megoldható. Az antibiotikus terápia és profilaxis alkalmazása során figyelembe kell venni a beteg állapotának legfontosabb jellemzőit, a korábban alkalmazott fertőzésellenes szereket és az adott intézmény epidemiológiai viszonyait.