Az emésztés és felszívódás elégtelensége esetén a vastagbélbe jutó emésztetlen béltartalom vizet tartva vissza ozmoticus hasmenést okoz, amihez törvényszerűen dysbakteriosis, azaz infekciós komponens társul. Az emésztés és felszívódás elégtelenségének pathomechanismusa legtöbb kórképben egymást erősítve együtt hat. A pathomechanismust igazolva pancreas és máj-funkciós próbákkal, H2 teszt és felszívódási vizsgálatok segítségével megteremthetjük a sikeres kezelés alapját, de a társuló vékonybél kontamináció és a colon dysbacteriosis további erőfeszítéseket igényel. Az újabban megismert élettani folyamatok erősítése lehetővé teszi a gastrointestinalis traktus normalis ecosystemiájának helyreállítását. Az emésztés és felszívódás elégtelensége esetén a vastagbélbe jutó emésztetlen illetve a korábban fel nem szívódott béltartalom vizet tartva vissza ozmoticus hasmenést okoz, és ehhez törvényszerűen a dysbakteriosis infekciós komponense járul. Az emésztés és felszívódás elégtelenségének pathomechanismusa jelentősen különbözik, azonban legtöbb kórképben a két folyamat egymást erősítve együtt hat. Például a malabsorptió típusos formájában, a nem trópusi sprue esetén a felszívódás elégtelensége mellett, melyet a vékonybél nyálkahártya hyperregenerativ atrofiája okoz, a cholecystokinin és secretin felszabadulás károsodását (a gyulladás ráterjedése az endokrin "I" és "S" sejtekre), a pancreas szekréció csökkentését és az emésztés elégtelenségét is megfigyelhetjük.