A szisztémás autoimmun reumatológiai betegségek többségükben a nőket érintik, sokszor fiatalon, reproduktív éveik során. Bizonyos kórképek a terhesség során javulnak gyógyszeres kezelés nélkül is, míg mások pedig kifejezett aktivitást mutatnak. A gyógyszeres kezelés sokszor nem kerülhető el és az anya nem kezelt betegsége többet árthat nemcsak az anyának, hanem a magzatnak is mint a gyógyszer. A klasszikus nemszteroidok nem teratogének, de a terhesség késői szakaszában adva a magzatban vese- és szívérrendszeri károsodást okozhatnak. Lényegesen kevesebb a tapasztalat, hasonló hatások várhatók a szelektív COX-2 gátlóktól. A fő szabály, hogy a nemszteroidok adását a terhesség 32. hetétől fel kell függeszteni, és a szoptatás alatt rövid felezési idejű szert kell adni, valamint a gyógyszert lehetőleg a szoptatás megkezdésekor kell bevenni. A kortikoszteroidok gyakran szükségesek a betegség aktivitásának fékezéséhez. Bár magas dózisban a terhesség 2., 3. hónapjában szájhasadékot, később hyper-corticalismust okozhatnak, az anya érdekében nem kerülhetjük el az adásukat. Szoptatás alatt viszont napi 20 mg prednisolon equivalens dózisig biztonságosan adhatóak. A betegség módosító (DMARD) szerek közül a sulfasalazin, az antimalarias szerek, a cylosporin és az azatioprin biztonságosan adható megfelelő kontroll mellett. A biológiai szerek terhesség alatt történő adásáról még kevés adat van, de úgy tűnik, hogy nem okoznak magzati károsodást. A leflunomidot, a cytotoxikus szerek (methotrexat, cyclophosphamid) adását már a terhesség tervezésekor fel kell függeszteni.