Az emberi bélflórát több mint 400 különböző törzs alkotja, 99 %-uk anaerob bactérium, melyek nagy része a természetes bélflóra alkotója, de ha átjutnak a vastagbél falán, akár halálos kimenetelű fertőzést is okozhatnak A magas virulenciájú pathogén törzsek egészséges immunrendszerű egyént is megbetegíthetnek, gyenge vagy lcár-osodott immunrendszer mellett azonban opportunista organizmusok is kórokozóvá válhatnak. A gyomor-bélrendszerben az antibioticumok használatának három fontos indikációja van: 1. tértőzések (bacteriális hasmenés, diverticulitis, cholangitis), 2. "nem klasszikus" fertőzések ( Helicobacter pylori pozitív pepticus fekély, Whipple kór, gyulladásos bélbetegségek), 3. antibiotikus profilaxis sebészi beavatkozások előtt. Több mint fél évszázada alkalmazzák a bélfertőzések kezelésére a kevéssé felszívódó antibioticumokat, melyek helyileg hatékonyak, de szisztémás toxicitásuk és mellékhatásaik elenyészőek és különösen gyermek- és időskori fertőzések, terhes és szoptató nők kezelésére biztonságosak. A peptidek közül Magyarországon ma is forgalomban van az 1955-ben bevezetett vancomycin; hosszú ideig sikeres gyógyszer volt az aminoglycosidok közül az 1945 óta ismert neomycin , és 1982 óta egyre több területen alkalmazzák eredményesen a rnakrolid csoportba tartozó, rifamycin-származék-, szintetikus, széles spektrumú antibiotikumot, a rifaximint,(4 deoxy-rnethylpiridol (1-2-1,2)imidazo(5,4-c)-rifamycin SV).