A műthető elsődleges gastrointestinalis stroma tumorok (GIST) kezelése sebészi. A sikeres teljes (RO) resectiót követően a beteg hosszú távú szoros megfigyelése szükséges. Ha a kiújulás kockázata nagy (nagy méretű tumor, fokozott daganatsejt-osztódási aktivitás), a beteget valamelyik adjuváns imatinib mesylat (Glivec);klinikai vizsgálatba ajánlott besorolni. Irresecabilis, residualis, helyileg kiújult vagy távoli áttétes GIST esetén a választandó kezelés napi 400 mg imatinib tabletta. Elsődleges rezisztencia esetén ajánlott a -beteg részvétele valamelyik. új tirozinkináz-inhibitort (TKI) kipróbáló klinikai vizsgálatban. Ha a rezisztencia a korábban-sikeres kezelés közben másodiagosan alakult ki, meg kell próbálni emelni az adagot (napi 800 mg-ig). Ha ez sem hoz javulást, klinikai vizsgálat keretében ajánlott valamelyik új tirozinkináz-gátlót kipróbálni. Ha az eredetileg irresecabilis előrehaladott GIST imatinib kezeléssel műthetővé tehető,, mérlegelni kell a resectiót. Ha ez nem lehetséges, az imatinibkezelést progresszióig (vagy tűrhetetlen toxicitás kialakulásáig) szükséges folytatni. A kezelés eredményességének a követésére a mindennapi gyakorlatban CT- vagy MR-vizsgálat ajánlható, szükség esetén PET-tel kiegészítve. A GIST-ben szenvedő betegek kezelése multidiszciplináris feladat, számos szakma szoros együttműködését -teszi szükségessé. A komplex kezelés-legsikeresebben erre szakosodott onkológiai központokban történhet. Magyarországon a'GIST-ben szenvedő betegek imati nibkezelésére kijelölt koordináló központ az Országos Onkológiai Intézet, további centrum a Szent László Kórház.