Az egyes gyógyszerhatóanyagok mind hatékonyságukban, mind toxicitásukban jelentősen eltérnek egymástól. A gyógyszeres kezelésre adott egyéni válasz hátterében a gyógyszer-metabolizáló enzimek, transzporterek vagy receptorfehérjék genetikai variációi állhatnak. A farmakogenetika a gyógyszerekre adott egyéni válaszok mögött rejlő genetikai eltéréseket tanulmányozza. Várható, hogy a jövőben a mutációk célzott szurésével a beteg számára az optimális gyógyszerhatóanyag kiválasztható lesz, a nem kívánt, ártalmas gyógyszermellékhatások pedig megelőzhetők. A gyulladásos bélbetegségek kezelésében alkalmazott gyógyszerhatóanyagok közül az azatioprinről a leginkább széles köruek az ismereteink. Valószínu, hogy a kortikoszteroid, az 5-aminoszalicilsav-, az infliximab- és az egyéb immunszuppresszív kezelésre adott egyéni válaszok hátterében is genetikai eltérések húzódnak meg, amelynek bizonyítására további vizsgálatok szükségesek. A farmakogenetikai ismeretek gyakorlati haszna a gyulladásos bélbetegségek kezelésében ma még korlátozott. Az egyes gyógyszerhatóanyagok pontos hatásmechanizmusának megértése, a célmolekulák azonosítása, valamint a genetikai háttér megismerése további vizsgálatokat igényel.