A vízminőségi helyzet alakulásának a magyar lakosság egészségét leginkább érintő területei az ivóvizek és a természetes fürdők vízminősége. Bár a közműves ivóvízellátás közel 100%-os, a vezetékes ivóvizek minősége számos településen nem felel meg az európai előírásoknak; ez a lakosság mintegy 30%-át érinti. Legnagyobb súlyú probléma a természetes eredetű arzén szennyezettség, ami több mint 1,3 millió fogyasztót érint. Az ivóvízminőségre vonatkozó jogszabály tartalmazza a minőségjavítási feladatok prioritási sorrendjét és ütemezését is. További fontos teendők a fertőtlenítési melléktermékek és a biofilm eredetű nitritképződés, utószaporodás, valamint íz- és szaghibák visszaszorítása. A magánkutak vízminőségi problémai ugyan lényegesen kevesebb lakost érintenek, de jóval nagyobb kockázatot jelentenek. Ebben az esetben a helyzet pontosabb megismerése és a megfelelő tájékoztatás a legfontosabb teendő. A természetes fürdővizekkel kapcsolatos egészségkockázatok csökkentése rövid távon szintén a megfelelő tájékoztatást igényli; ehhez viszont a monitoring rendszer jelenlegi hiányosságainak, elsősorban az elégtelen vizsgálati gyakoriságnak a kiküszöbölése szükséges.